Любое изменение в системе выхлопа не может не сказаться на работе двигателя. Комплексная настройка выхлопа и двигателя — это кропотливая работа, которую инженеры проводят годами, готовя автомобиль к серийному производству. Чип-тюнинг будет необходим не только после удаления катализатора, но и изменения параметров глушителя, резонатора или конфигурации выхлопного тракта.

Это связано с тем, что датчики в дизельном или бензиновом двигателе реагируют на показатели одного номинала, а после модернизации системы эти данные могут быть совершенно другими. Задача мастера состоит в том, чтобы перенастроить электронную систему управления и «научить» ее работать корректно с новыми данными. Для этого применяется соответствующее компьютерное оборудование и программное обеспечение, индивидуально для каждого автомобиля, чтобы на выходе получить желаемые параметры по мощности, крутящему моменту, расходу топлива и динамике разгона автомобиля.

В ряде случаев с помощью чип-тюнинга есть возможность сбросить заводские ограничения по количеству оборотов и максимальной скорости, но это касается самых современных и недешевых автомобилей. Кроме этого, программно можно влиять на расход топлива и алгоритм работы автоматической трансмиссии и вариаторов, управлять поведением системы адаптивной подвески и адаптивного рулевого управления.